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차라투공식계정친구 67

맞춤형 의학통계 지원

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발표 - ShinyApps 에 로그인 기능 넣기

김진섭 대표는 Zarathu 가 후원하는 9월 Shinykorea 밋업에 참석, Shiny 의 로그인 기능 추가방법을 리뷰하고, useR! 2019 에서 소개된 shinymanager 패키지 사용법을 설명할 예정입니다. 정리한 슬라이드를 미리 공유합니다.

R 패키지 v1.0 업데이트

'jsmodule' 패키지 v1.0 을 CRAN(https://cran.r-project.org/package=jsmodule) 에 배포하였습니다. 주 업데이트 내용은

1. 연속변수를 이분형(binary) 변수로 만들기
2. 프로펜시티 점수 매칭 시, caliper 옵션 추가
3. 카플란 마이어, ROC curve 모듈 개선

입니다. 웹에도 업데이트 적용하였습니다.
- 기초통계:
http://app.zarathu.com/basic
- 반복측정자료:
http://app.zarathu.com/repeated
- 표본조사:
http://app.zarathu.com/survey
- 프로펜시티 점수 분석:
http://app.zarathu.com/ps

블로그 업데이트- 선형모형의 다차원공간으로의 확장: 허수축 포함하는

실패한 박사논문 "선형모형의 다차원공간으로의 확장" 의 후속으로 계획했던 내용으로, 선형모형 벡터공간에 허수축(Imaginary Axis) 을 도입, Inverted U-shape 을 선형관계로 해석하였습니다. 아인슈타인 일반상대성이론의 4차원 시공간 중, 시간을 허수축으로 해석하는 것에서 아이디어를 얻었습니다.

CDM datathon 참석

김진섭 대표는 8월 10-11일, 아주대학교 홍재관에서 열린 'OMOP-CDM/ATLAS 활용 의료 빅데이터 분석 Datathon' 에 참석, 강동성심병원 연구팀과 CDM 데이터 분석을 수행하였습니다.

7월 밋업 후원 - Shinykorea

차라투(주) 가 후원하는 Shinykorea 밋업의 7월 활동 내용을 공유합니다.

1. 이희재: 사회인 야구 데이터로 나의 지표 만들기(
https://github.com/Poohj/Rselenium)

2. 요즘은 데이터 분석 공부를 어떻게 시작하시나요? (비공개, 발표자 요청)

다음 일정과 과거 내용은 아래 링크에서 확인하실 수 있습니다. 관심있으신 분은 리플이나 톡 남겨주시면 연락드리겠습니다. 감사합니다.

연구지원 성과 - 종골 골절 수술법 비교

길병원 정형외과 고재윤 전임의 선생님을 도와, 전위성 관절 내 종골 골절 환자에서 최소 침습 접근법과 광범의 외측 접근법의 수술 효과를 비교하였습니다. 이 연구는 대한골절학회지(https://jkfs.or.kr/DOIx.php?id=10.12671/jkfs.2019.32.3.135) 에 게재되었습니다.

R 패키지 업데이트 - 데이터 업로드

업데이트된 'jsmodule' 패키지(https://cran.r-project.org/package=jsmodule) 를 이용, R에서 데이터를 읽어올 필요 없이 직접 데이터를 업로드할 수 있습니다. 지원하는 형태는 csv/xlsx/sav/sas7bdat/dta 입니다.

웹 업데이트: Propensty score 분석

Propensity score(PS) 분석을 웹과 jsmodule 패키지에 업데이트 하였습니다. 데이터를 웹에 업로드하고 PS 계산을 수행한 후, (1) 원래 데이터 (2) 매칭데이터 (3) IPTW 가중치 데이터 를 이용한 통계분석을 동시에 수행할 수 있습니다.

웹 주소 :
http://app.zarathu.com/ps

R 패키지:
https://cran.r-project.org/package=jsmodule

6월 밋업 후원 - Shinykorea

차라투(주)가 후원하는 Shinykorea 밋업의 6월 활동 내용을 공유합니다.

1. 탁온식: 더 나은 주거지역을 찾기 위한 shiny 앱(
https://github.com/takos1026/shiny_meetup_201906/tree/master/search_new_site)

2. 이창선: AI auto-reporting(
https://github.com/csleekorea/AI-AutoReporting)

다음 일정과 과거 내용은 아래 링크에서 확인하실 수 있습니다. 관심있으신 분은 리플이나 톡 남겨주시면 연락드리겠습니다. 감사합니다.

연구지원 성과 - 근시 진행 위험요인

삼성서울병원 안과 김재령 전임의 선생님을 도와 GEE(generalized estimating equation)를 적용, 각막굴절교정렌즈를 착용한 사람에서 안축장(axial length)길이와 근시 진행에 영향을 끼치는 요인을 분석하였습니다. 이 연구는 PLOS ONE(https://journals.plos.org/plosone/article/comments?id=10.1371/journal.pone.0218140) 에 게재되었습니다(IF: 2.766)

웹 업데이트: ROC 분석

로지스틱 모형의 ROC 분석을 웹과 jsmodule 패키지에 업데이트 하였습니다. 데이터를 웹에 업로드 한 후 분석할 모형들을 선택하면, ROC 그림과 AUC(Area under curve), 그리고 예측력 변화 지표인 NRI(Net Reclassification Index)와 IDI(Integrated Discrimination Index)를 구하고 p값을 얻을 수 있습니다.

웹 주소 :
http://app.zarathu.com/basic/
http://app.zarathu.com/repeated/ (반복측정 데이터인 경우)
http://app.zarathu.com/survey/ (표본조사 데이터인 경우)

R 패키지:
https://cran.r-project.org/package=jsmodule

5월 밋업 후원 - Shinykorea

차라투(주)가 후원하는 Shinykorea 밋업의 5월 활동 내용을 공유합니다.

1. 김진섭: Shiny 활용 의학연구지원 경험 공유(
https://blog.zarathu.com/posts/2019-05-10-shinymedicalresearch)

2. 강동훈: 재무정보 시각화(
https://github.com/shinykorea/shiny_financial_dashboard)

3. 나영준: 새로운 한우 육량등급 시뮬레이터(
https://github.com/adatalab/windex-simulator-hanwoo)

4. 조재형: AEGIS - OHDSI 기반 공간역학연구 시각화(
https://github.com/OHDSI/Aegis)

다음 일정과 과거 내용은 아래 링크에서 확인하실 수 있습니다. 관심있으신 분은 리플이나 톡 남겨주시면 연락드리겠습니다. 감사합니다.

발표 - 괴델의 불완전성 정리

김진섭 대표는 5월 30일(목) "제주대학교 경영정보학과 산업·직무 특화 전문가 특강"에 참석, 괴델(Kurt Gödel)의 불완전성 정리가 나온 배경을 소개하고 증명의 핵심 아이디어를 수학과 메타수학(meta-mathematics), 괴델수(Gödel number), 그리고 메타수학의 수학화 3가지로 나누어 설명할 예정입니다. 정리한 슬라이드와 강의록을 미리 공유합니다. 초청해주신 현정석 교수님께 감사드립니다.

제주대학교 경영정보학과:
http://mis.jejunu.ac.kr/

발표 - R 활용 맞춤형 통계지원 소개

김진섭 대표는 을지의과대학교 5월 EMBRI 세미나와 CRScube 6월 세미나에 참석, 의학연구를 지원하면서 다양하게 R을 활용했던 경험을 공유할 예정입니다. 정리한 슬라이드를 미리 공유합니다.

을지대학교 EMBRI:
http://eulji.ac.kr/embri/index.html?menuno=3925
CRScube:
https://www.crscube.io/

웹 업데이트: PPT 편집 가능한 'emf' 확장자

그림 다운로드 확장자에 'emf'를 추가하였습니다. PPT에서 이 그림을 불러온 후, 선과 글자를 하나하나 편집할 수 있습니다.

웹 주소 :
http://app.zarathu.com/basic
http://app.zarathu.com/repeated (반복측정 데이터인 경우)
http://app.zarathu.com/survey (표본추출 데이터인 경우)

R 패키지:
https://CRAN.R-project.org/package=jsmodule

발표 - Shiny 활용 의학연구지원 경험

김진섭 대표는 5월 31일(수) 차라투가 후원하는 Shinykorea 밋업에 참석, shiny와 R Markdown을 활용, 의학연구를 지원했던 경험을 공유할 예정입니다. 정리한 슬라이드를 미리 공유합니다.

Shinykorea 활동 -
https://github.com/shinykorea/Meetup

4월 밋업 후원 - Shinykorea

차라투(주)가 후원하는 Shinykorea 밋업의 4월 활동 내용을 공유합니다.

1. 신현석 - IPTV 환경에서 데이터 수집 & 대시보드 제작(
https://github.com/shinhseok/public/blob/master/Shiny_TAP-v1.0-20190430_public.pdf)

2. 1st Shiny contest 발표작 소개
김진섭 - Impact Replays - Relive the CFL (Canadian Football League) Highlights and Play-by-Play(
https://community.rstudio.com/t/shiny-contest-submission-impact-replays-relive-the-cfl-canadian-football-league-highlights-and-play-by-play/24001)

나영준 - The Pasture Potential Tool(
https://community.rstudio.com/t/shiny-contest-submission-pasture-potential-tool-for-improving-dairy-farm-profitability-and-environmental-impact/23849)

다음 일정과 과거 내용은 아래 링크에서 확인하실 수 있습니다. 관심있으신 분은 리플이나 톡 남겨주시면 연락드리겠습니다. 감사합니다.

정부과제선정 - 공통데이터모델(CDM) 활용 위암과 대장암 예방법 개발

차라투(주)가 강동성심병원과 함께 공동연구기관으로 참여하는 "공통데이터모델자료를 활용한 위암과 대장암 예방의 한국형 맞춤 모형 개발(연구책임자: 신운건)" 과제가 한국보건산업진흥원 주관 "2019년도 1차 보건의료기술개발사업"에 선정되었습니다.

본사는 앞으로 3년간 강동성심병원 소화기내과 연구진을 도와, CDM 데이터의 연구설계와 통계분석을 수행할 예정입니다.

이번 공동연구를 시작으로 연구진과 윈-윈하는 파트너로 성장해 나가겠습니다.

연구계약체결 - 대한심혈관중재학회 분지병변연구회

차라투(주)는 지난 3일, 대한심혈관중재학회 분지병변연구회(회장: 구본권)와 통계분석 위탁 계약을 체결하였습니다.

본 계약을 통해 본사는 내년 2월까지 "다기관 후향적 한국 관상동맥 분지병변 스텐트 등록 연구 3 (COBIS 3)" 에서 수행되는 모든 연구의 통계분석을 지원할 예정입니다.
앞으로 양 조직은 긴밀히 협력하여 전문화된 의학연구체계를 만들어 나가겠습니다.

웹 업데이트: Time-dependent ROC 분석

생존분석 모형평가방법 중 하나인 Time-dependent ROC 분석을 웹과 jsmodule 패키지에 업데이트 하였습니다. 데이터를 웹에 업로드 한 후 분석할 모형들을 선택하면, ROC 그림과 AUC(Area under curve), 그리고 예측력 변화 지표인 NRI(Net Reclassification Index)와 IDI(Integrated Discrimination Index)를 구하고 p값을 얻을 수 있습니다.

웹 주소 :
http://app.zarathu.com/basic/
http://app.zarathu.com/repeated/ (반복측정 데이터인 경우)
R 패키지:
https://CRAN.R-project.org/package=jsmodule

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